瓶颈一：中药材生产落后于中药工业发展。对策：提高种植技术，建立药材质量标准，控制产品源头质量，保证质量的同时稳定价格。
瓶颈二：有效成分提取转移率低。对策：国家从政策导向上致力于产学研结合，推动新技术的产业化应用；重视制药装备技术提升，支持技术先进、在线检测与中药产品联合的装备研究。
瓶颈三：药品标准的科学性及合理性欠缺。对策：采用中药指纹图谱技术等多成分分析法，加强对有害物质的检测，设定中药活性成分含量范围，采用生物检定法测定中药的效价，直观反映中药的有效性、安全性。
瓶颈四：实施生产过程分析技术难题。中药成分复杂，将信息、自控、快速分析等技术集成形成自动化采集数据，任何一个环节出现偏差系统就会报警。对策：鼓励支持生产过程分析关键技术研究以及与中药产品结合的自控和药品数据信息关键技术的研究。
瓶颈五：企业品牌和知识产权战略运用能力不足。对策：政府引导企业向科技型、规模化的方向发展，形成具有国际市场竞争力的中药产业集团；实施名牌带动战略，制定品牌培育、创建的激励政策和措施，发挥龙头企业名牌辐射带动作用等。
